Vous avez sans doute lu mon  article sur l’histoire un peu romancée du kéfir, comment il a conquis la Russie depuis les montagnes du nord du Caucase. Cette histoire est en réalité bien incomplète ! Elle ne commence qu’au XIX° siècle, alors que le kéfir existe depuis des milliers d’années.  De nouvelles publications scientifiques ont été publiées. Voici les dernières nouvelles. 

La route du kéfir depuis le Caucase vers la Russie puis l’Europe (à la fin du XIX° siècle , donc très récente ) n’est pas la seule voie de propagation de cet excellent laitage fermenté. D’autres voies sont beaucoup plus anciennes, et sont restées insoupçonnées jusqu’à ce qu’on découvre des morceaux de fromage dans une tombe d’Asie centrale.

Un échantillon de fromage unique

Des échantillons de fromage ont été trouvés en 2014  sur une momie du cimetière de Xiaohe au Nord-est de la Chine, datée de l’âge du Bronze,  3500 ans.  (Je vous en avait aussi parlé dans cet autre article). Ce n’est pas une momie comme celles que faisaient les Égyptiens, éviscérée et enveloppée dans des bandelettes, mais une momie naturelle, un corps dans un cimetière, simplement conservé de manière parfaite dans le sable aride du désert du Taklamakan, un des endroits les plus secs de la planète. Xiaohe se trouve au nord-est du désert du Taklamakan, dans le Xinjiang et c’est à plus de 3500 km du Caucase. (Figure en rouge sur la carte ci-dessus, qui montre les inter-actions entre les différents peuples anciens de l’Asie par ce qu’on a appelé la Route de la Soie, et qui était un chemin fréquenté depuis le Paléolithique).

Il est très rare de retrouver des fragments de produits laitiers conservés depuis une période aussi ancienne, c’est même les seuls connus jusqu’à aujourd’hui. Des chercheurs de l’Académie des Sciences chinoise se sont intéressés à ces petits morceaux de fromage de l’âge du bronze, qui s’étaient avérés être du kéfir après l’analyse faite en 2014.  Il contenait une variété de Lactobacillus présente encore dans le kéfir d’aujourd’hui, et n’était pas coagulé avec de la présure : c’était donc du lait de kéfir égoutté.

Ceci remet en question la théorie selon laquelle le fromage aurait été inventé en entreposant du lait dans des estomacs de ruminants. Les enzymes présentes dans les estomacs (ce qu’on appelle aujourd’hui « présure ») faisant coaguler le lait. Dans de fromage, aucune enzyme, la coagulation est uniquement due à l’acidification opérée par les bactéries lactiques.

En comparant le génome de ces bactéries avec celui d’autres bactéries actuelles sur des kéfirs de diverses régions, les scientifiques chinois on étudié l’histoire de l’évolution des bactéries fromagères du kéfir. Leur étude est parue en 2024.

Un peuple de chasseurs-agriculteurs-éleveurs

Les membres de la population de Xiaohe de l’âge du bronze étaient peut-être les premiers habitants de cette région, on n’en a pas retrouvés de plus anciens. Leur ADN mitochondrial suggère une ascendance maternelle d’Eurasie du nord, Sibérie et Inde.  Ils étaient très isolés dans cet endroit aujourd’hui désertique, mais qui devait être plus verdoyant à l’époque. S’ils avait peu d’interaction avec d’autres peuples, leur position sur la « route de la soie » leur facilitait néanmoins les échanges avec d’autres groupes, ce qui leur a permis par exemple d’emprunter des pratiques comme la métallurgie et la vannerie.  Leur mode de vie était diversifié : basé sur la chasse, ils pratiquaient l’agriculture (on a retrouvé du blé, du millet et de l’orge) et aussi l’élevage laitier.

A partir de l’ADN retrouvé dans les fragments de fromage, on a pu déterminer quelle sorte de bétail était élevé. On utilisait alors du lait de vache et du lait de chèvre, mais les deux laits n’étaient pas mélangés, contrairement à ce qui était pratiqué dans le Moyen-Orient et autour du bassin méditerranéen.  On faisait à Xiaohe soit du fromage de vache, soit de chèvre. Ces fromages étaient sans lactose, ce qui était important car les populations de cette époque étaient toutes intolérantes au lactose, n’ayant pas eu la mutation génétique qui permet à beaucoup d’entre nous de le digérer aujourd’hui.

Les chercheurs ont même trouvé la race de la chèvre qui a donné le lait de ce kéfir : c’est la chèvre domestiquée qui s’est répandue dans les steppes d’Asie centrale à la période du Néolithique. C’est intéressant car, sachant d’ou provenait cette chèvre, on a pu déterminer que les gens du Xiaohe étaient en contact avec les éleveurs des steppes avec lesquels ils avaient eu des interactions culturelles,  les cultures  Afanasievo et Margiane-Bactriane (en rouge et en jaune sur la carte en haut de l’article).  D’autres découvertes archéologiques montrent qu’ils étaient aussi en contact avec les populations tibétaines. Ainsi, il semble que les gens de Xiaohe ont activement adopté l’élevage à partir de leur relation avec la culture steppique et que le produit laitier fermenté, le fromage de kéfir, est devenu une partie importante de leur mode de vie. Le kéfir s’est ensuite répandu plus loin dans l’est de l’Asie, toujours par la même route de la Soie.

Les mêmes bactéries que sur nos grains de kéfir actuels

Avec ces fragments de fromage kéfir de l’âge du bronze, les scientifiques ont pu explorer la transformation des micro-organismes dans les produits laitiers fermentés sur des milliers d’années. Plus d’une trentaine d’espèces de bactéries ont pu être identifiées. Ces espèces se trouvent notamment dans les grains de kéfir actuels, ou d’autres aliments fermentés, sur la peau, dans les intestins humains, et dans l’environnement.

Parmi ces espèces bactériennes identifiées à partir des échantillons,  L. kefiranofaciens et Lactobacillus helveticus, se trouvent toujours spécifiquement dans les grains de kéfir actuels. Et si on regarde les levures  et champignons  : Saccharomyces, Aspergillus et Penicillium sont bien là, tout comme Pichia kudriavzevii et Kluyveromyces marxianus qui se trouvent encore dans les grains de kéfir actuels. Dans l’ensemble des espèces qui ont été observées, une minorité ne correspondaient pas à des grains de kéfir. Elles ont pu venir là suite à des contaminations par l’environnement, ou autres.  Les chercheurs expliquent ce petit nombre de contaminants par le fait que certaines espèces de champignons sont antibactériennes, comme Penicillium et Aspergillus.  Elles ont donc continué à fabriquer de la pénicilline après l’inhumation, et les bactéries contaminantes ont donc cessé de se développer. Inversement, les bactéries peuvent aussi limiter la croissance de champignons et levures contaminants.

Le résultat d’une évolution

On constate donc que ce qu’on observe aujourd’hui sur les échantillons anciens n’est donc pas un état  d’il y a 3500 ans qui serait « figé », mais le résultat d’une évolution de 3500 ans des micro-organismes de cet ancien kéfir, et ça c’est passionnant !

Ce qui a frappé les scientifiques c’est la rareté des espèces pathogènes ou d’altération, par rapport à des échantillons organiques d’autres découvertes archéologiques. Cela explique d’une part la très bonne conservation des échantillons, et d’autre part cela montre que la communauté microbienne des grains de kéfir est extrêmement stable et qu’elle se protège contre les « intrus ». Et ce, pendant 3 500 ans !

Cette résistance à la contamination des grains de kéfir devait avoir une importance cruciale, pour les fromagers de l’époque : sans connaissances de la microbiologie et avec des conditions d’hygiène précaires, ayant sans doute peu de connaissances de ce qu’il faut faire pour éviter les pathogènes, (bien qu’ils aient certainement eu leurs règles d’hygiène à eux — il ne faut pas prendre les préhistoriques pour des demeurés), ils étaient néanmoins capables d’élever des micro-organismes pour produire un aliment parfaitement sain à partir d’un ingrédient hautement sensible qu’est le lait cru. La stabilité du kéfir a beaucoup aidé. Ceci a bien sûr joué sur la transmission des grains de kéfir, qui permettait d’améliorer son alimentation et sa santé !

Il faudrait expliquer ça, par exemple,  à ceux qui ont interdit les fromages au lait cru dans les cantines scolaires.

Les routes de propagation du kéfir

En se basant sur Lactobacillus kefiranofaciens, qui est aujourd’hui présent dans tous les grains de kéfir du monde, et en comparant les souches d’hier à différentes souches actuelles d’Europe et d’Asie, les scientifiques ont pu retracer les routes de propagation du kéfir. Il se trouve que les Lactobacillus ont une génétique extrêmement diversifiée, avec de nombreuses sous-espèces, et que cela est dû en partie à l’action humaine de partage et de transmission.  On se transmettait évidemment les souches qui fonctionnaient le mieux, celles qui résistaient le mieux aux voyages, celles qui donnaient un meilleur goût, et celles qui avaient de meilleurs effets sur la santé aussi. Les souches moins efficaces, moins bonnes, ont été laissées de côté, voire abandonnées.  Voilà comment on sélectionne des bactéries  depuis toujours, sans même connaitre leur existence.

Deux  familles ont pu être distinguées : un premier groupe comprenant les souches d’Europe, celles des côtes de l’Asie de l’Est et des îles du Pacifique, et une seconde comprenant les anciennes souches de Xiaohe, les souches tibétaines et deux souches d’Extrême Orient non côtier. Ces différentes familles de Lactobacillus  ayant un ancêtre commun.

L’expansion du premier groupe correspond à la route que l’on connaissait, celle qui va de la région montagneuse du Nord du Caucase en Russie puis à l’Europe, puis à d’autres régions à partir de l’Europe (Amérique, et côtes et îles de l’Extrême Orient, Singapour, Japon, Taïwan, par exemple, quand vous transmettez vos grains aujourd’hui, vous continuez ce même chemin). Mais l’étude a pu définir une autre route de propagation  insoupçonnée jusqu’alors : du Xinjiang vers d’autres régions d’Asie, comme le Tibet et la région du Jiangxi (province non côtière du sud-est de la Chine). Quant à l’ancêtre commun, c’est encore un mystère, il a dû aussi être modifié et sélectionné dans des temps plus anciens, grâce à des échanges culturels de populations qu’on ne connait pas pour l’instant.

Des questions restent sans réponse : d’où vient l’ancêtre N°1 des grains de kéfir ? Est-ce arrivé du Caucase jusqu’au Xinjiang, par l’intermédiaire des peuples des steppes, ou bien est-ce arrivé plus tard dans le Caucase depuis l’Asie Centrale ?

Sélection au fil des âges

La comparaison entre les bacilles anciens et modernes a donné des indices sur leur évolution à travers les âges et les échanges. Différents axes de l’évolution de ces Lactobacillus suite à leur domestication se dégagent :

• Ils se sont adaptés au stress environnemental, avec l’émergence de gènes liés à la résistance aux médicaments dans les souches modernes.
• On constate une amélioration des mécanismes de défense du génome bactérien. Des gènes modernes de L. kefiranofaciens peuvent résister à des toxines et aussi contrer l’introduction d’ADN exogène.
• D’autres adaptations sont liées à l’environnement intestinal humain. Par exemple, les souches modernes ont gagné des gènes qui interagissent potentiellement avec l’intestin de l’hôte, probablement en raison de leurs interactions avec les humains depuis très longtemps.
• Une singularité : par rapport à L. kefiranofaciens de l’âge du bronze, les souches modernes du Tibet présentent deux clusters de gènes transférées horizontalement (c’est-à dire que le transfert s’est fait sans que les bactéries soient les descendantes du « donneur »).  Ces gênes sont associés à l’allègement de la réponse inflammatoire intestinale. Cela a un double effet :  la survie de L. kefiranofaciens dans l’intestin humain a été assurée, mais cela protège également la fonction intestinale.

On comprend que l’action humaine a une importance majeure sur cette évolution. Les différentes pratiques, les échanges entre cultures différentes (cultures dans tous les sens du terme : civilisation, agriculture et culture de ferment !), tout cela a contribué à l’évolution des microbes comme des humains. Il s’est produit une symbiose entre les bactéries et nous, leur évolution s’est faite conjointement à la nôtre, et on peut dire que chacun en a profité. Elle a eu pour résultat la fabrication de plus en plus efficace de produits fermentés, qui sont devenus meilleurs dans leur qualité intrinsèque, mais aussi meilleurs pour la santé.

Continuons à propager les ferments !

Dans un prochain article, je vous parlerai des kéfirs modernes, ceux d’aujourd’hui.

SOURCES:

Li, Chunxiang & Ning, Chao & Hagelberg, Erika & Li, Hongjie & Zhao, Yongbin & Li, Wenying & Abuduresule, Idelisi & Zhu, Hong & Zhou, Hui. (2015). Analysis of ancient human mitochondrial DNA from the Xiaohe cemetery: Insights into prehistoric population movements in the Tarim Basin, China. BMC genetics. 16. 78. 10.1186/s12863-015-0237-5.

Yimin Yang, Anna Shevchenko, Andrea Knaust, Idelisi Abuduresule, Wenying Li, Xingjun Hu, Changsui Wang, Andrej Shevchenko,
Proteomics evidence for kefir dairy in Early Bronze Age China, Journal of Archaeological Science, Volume 45, 2014, Pages 178-186, ISSN 0305-4403,
https://doi.org/10.1016/j.jas.2014.02.005. (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0305440314000466)